Если вдруг возникает ошибка Unable to load and prepare installer in GUI mode, и в систему не устанавливается Adobe Flex Builder - все дело в спецсимволах в логине пользователя (например, восклицательный знак, как у меня). Чтобы данная ошибка самоустранилась, достаточно создать нового пользователя, например, test, и установить программу от его имени. Все, ошибка "Unable to load and prepare installer in GUI mode" больше вас не будет мучать.
Само собой, при всем этом вполне будет работать от основного пользователя. Вышенаписанное относится в целом к движку InstallAnywhere, и ко всем продуктам, его использующим - например, Adobe Flex Builder, JProbe и др.